ベルリたちを乗せたメガファウナが、ジット団を追ってビーナス・グロゥブを出発。だが、すでに地球圏の戦況は一変していた。大気圏外で睨み合っていたキャピタル・アーミィとアメリア軍、ドレット艦隊は、禁忌の存在であるカシーバ・ミコシの近傍でさらに激しく衝突を繰り返す……。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたメガファウナは金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。しかし、ベルリたちを出迎えたのは“地球への帰還＝レコンギスタ作戦”を目論むジット団だった……。

突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

ベルリたち救出のため出撃したデレンセンが海賊部隊のメガファウナを急襲。地球周回軌道上での宇宙戦闘を強いられたベルリは、恩師との対決とは気づかずにＧ-セルフで迎撃してしまう。一方、キャピタル・アーミィはＧ-セルフとラライヤ・マンディの身柄も要求し、エルフ・ブルックのマスク部隊に続き、ベッカーのウーシァ隊を出撃させる。その背後にはスコード教のタブーを無視するほどの危機――宇宙からの脅威の存在があった。

地球上のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワー。タワーを護るキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、初めての実習で宇宙海賊の襲撃に遭遇して捕獲に協力。捕まった少女アイーダに不思議な何かを感じたベルリは、彼女が「G-セルフ」と呼ぶ高性能モビルスーツを何故か起動できてしまう。宇宙世紀終焉後の時代、リギルド・センチュリーを舞台に少年少女の冒険は世界の真相に直進する。

　まだ幼かったあの日。父、ケン は幼いアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。ちゃんとお別れを言うことができなかったアネモネの小さな胸に深く残る後悔。 　７年が経過した。アネモネは父が散った戦場――東京にいた。人類の敵、７番目のエウレカ＝エウレカセブンと戦うための組織・アシッドの一員として、アネモネには人類の希望が託されていた。そして、アネモネはエウレカセブンの中へとその精神を送り込む。 　アネモネがエウレカセブンの中で出会ったのは、ドミニクという青年と、エウレカという青緑の髪をした少女。この出会いは何を意味するのか。そして、見え隠れするレントンという名の少年の姿。 　アシッドに囚われていた謎の男・デューイは予言する。 「お前たちが見ているエウレカセブンはエウレカセブンではない。偽りの神が創っては破棄した無数の不要な世界。いわばゴミの山だ」 　アネモネとエウレカが出会った時、全ての真実が明らかとなり、新たな世界の扉が開く――。

地球上を覆う情報生命体・スカブコーラルと人類の戦いが巻き起こした世界の危機――サマー・オブ・ラブ。その危機から世界を救ったのは、アドロック・サーストンだった。英雄と讃えられるようになるアドロック。だが、その真相を知るものは、最前線で戦ったごく一握りの人間だけだった。 　そして10年の時が流れた。 　アドロックの残された息子レントンは、ビームス夫妻の養子となり、地方都市ベルフォレストで暮らしていた。14歳になり、鬱屈とした日々を送っていたレントンに運命の転機がやってくる。そして、家を飛び出すレントン。そこからレントンは様々な人との出会い、別れを経験する。 　レントンが出会ったひとりは、ファシリティ・ガード隊長のホランド・ノヴァク。一時、ホランド率いるファシリティ・ガードに身を寄せていたレントンだが、結局わずかな時間でそこからも飛び出してしまった。 　レントンが出会ったもうひとりは、少数宗教ヴォダラクの少女。死に瀕した彼女を救うため、レントンは、再会したビームス夫妻の心配をよそに、奔走する。 　人々との出会いと別れは、レントンに大事なことを気づかせる。自分はなぜ、家出をしたのか。自分はなぜ今、この道を走っているのか。

肉体とギア・テクノロジーを融合させた究極の格闘技“メガロボクス”。 その頂点を決める大会“メガロニア”に、ギアを身に着けず生身の体で挑んだボクサー“ギアレス・ジョー”。 最下層の地下リングからたった三ヶ月で頂点へと駆け上がり、奇跡の優勝を遂げた伝説のチャンピオンの姿に人々は熱狂し夢を見た。 しかし、それから７年後、“ギアレス・ジョー”は再び地下のリングに立っていた。傷だらけの身体にギアを装着し、自ら“ノマド”と名を変えて……。

火星に作られた日本の新たな都道府県のひとつ、「第４東京都」。この都市の経済特区である「霧科市」に、 航空宇宙事業で名をあげた超一流企業、「霧科コーポレーション」があった。 この会社は様々なジャンルにシェアを広げつつ、「霧科科学技術学園」という私立学校も運営していた。 これだけでも特殊なのだが、さらに異彩を放つクラスが学園内にある。 昼は学園で生徒として勉学に勤しみ、放課後は社員として会社に出社し発展型試作ロケットの開発という重要なプロジェクトに携わっているのだ。 それが「霧科コーポレーション先行技術開発部 教育開発室」――通称「A-TEC」である。 この部署の室長を務める若き天才エンジニア瀬良カイトは、学園に通うA-TECの生徒達の 担任教師でもあり、熱血ロケット先生と呼ばれ親しまれて（？）いた。 物語はこのA-TECに転校生がやってくることから始まる。 新しい仲間を迎え入れようとするA-TECだが、火星へ向かう途上で転校生が誘拐されてしまう事件が発生。 この難局を乗り切れるのは自分たちだけだと判断したカイトはA-TECのメンバーたちと共に、 前代未聞の救出作戦に乗り出した――