東京都高度育成高等学校、それは進学率・就職率100％を誇り、 毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される夢のような学校。 しかし、その内実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の学校であった。 1年生3学期にCクラスへと昇格した綾小路たちだったが、 1学年最終特別試験の結果、Aクラスに惜敗し、再びDクラスへと降格。 2年生はDクラスからの再スタートとなった。 春休みを経て、綾小路は軽井沢と恋人関係となり、 堀北は優秀な兄・学にあこがれていた自分と決別。 少しずつ人間関係が変化する中で、2年生へと進級する。 綾小路たち新2年生の最初の特別試験は、 新入生とパートナーを組んで行う筆記試験。 しかし、新入生の中には、月城が手配したホワイトルームからの刺客が紛れており――。 学年を超えた新たな関係が呼ぶのは、嵐か凪か。 2年目の学校生活の幕が今、切って落とされる。

「ねえ知ってる？ この学園の七不思議にまつわる奇妙な噂」 旧校舎3階女子トイレの3番目には『トイレの花子さん』がいて、 大切なものと引き替えに願いを叶えてくれるという。 かもめ学園の七不思議・トイレの花子くんと、 その助手になったオカルト少女・八尋寧々。 怪異事件ばかりが起こるこの学園で、 彼らは平和な日をどう過ごしているのか。 これは本編では描かれない、ゆる～い放課後のひととき。