新歴2020年。人類の多くは、思考や意識を外界に作用させる力、『脳力』を生まれながらに備えていた。その生活は一見便利で、平和にも見える。しかし実際は、成層圏より降下する異形の生命体・怪異の存在が彼らの命を脅かしていた。怪異を討伐すべく、ニューヒムカ政府によって結成されたのは怪伐軍。ひと際強い脳力の持ち主、『超脳力者』によって組織された軍隊だ。超脳力は、発火、超高速、透明化など、個人により様々な発現の形をとる。念力の超脳力を持つユイト・スメラギは、幼い頃、怪異の襲撃から怪伐軍によって救われた。以来、志願兵として厳しい訓練に耐え、ついに入隊の日を迎える。一方、スカウトで怪伐軍に入隊したカサネ・ランドールは以前より不可思議な夢を頻繁に見ていた。「赤い糸から手を離さないで」――カサネが夢で告げられる言葉の意味とは？ 怪異の正体、そして隠された世界の秘密とは……。ユイトとカサネは、抗えない運命に巻き込まれていく。

ベリューレン社により戦時中開発された新技術「身体機能拡張技術」。 その技術により身体の一部、もしくは全部を機械化された者は、拡張者（エクステンド）と呼ばれていた。 拡張者と生身の人間の非拡張者が混在する社会では常にいざこざが絶えず、それらの問題を解決する「処理屋」を、乾十三（いぬいじゅうぞう）は生業としていた。 そして、十三自身も、頭部が巨大な銃の「拡張者」だった。 「亡霊」騒ぎの解決後、十三が営む「乾相談所」は落ち着きを取り戻したかに見えた。だが、突如何者かに襲撃されてしまう。それは、反拡張技術を掲げるテロ組織・スピッツベルゲンだった。彼らに拉致された仲間の救出に向かう十三の前に、ヴィクター・シュタインベルグという男が立ちはだかる。彼こそメアリーが行方を追い続けていた彼女の実兄であり、過去、十三の専属技師を務めた男だった。時を経て、十三、メアリー、ヴィクター、再び3人の因縁が交錯する。ガンスレイブユニットの秘密、ベリューレンの思惑、そして、鉄朗の運命も大きく動き始める第2期、スタート！