2024年、世界は崩壊した― 廃墟となった日本の地には異形の化け物が巣食い、人々は細々と身を寄せ合って生きていた。中野で便利屋を営むキルコは、『この子を“天国”に連れて行って―』そう言い残し息を引き取った謎の女性に、少年・マルを託される。彼は「“天国”には俺と同じ顔をしたやつがいるらしい」と言うが…

統一暦1926年。ターニャ・フォン・デグレチャフ少佐率いる、帝国軍第二〇三航空魔導大隊は、南方大陸にて共和国軍残党を相手取る戦役を征す。凱旋休暇を期待していた彼らだが、本国で待ち受けていたのは、参謀本部の特命であった。曰く、『連邦国境付近にて、大規模動員の兆しあり』。新たな巨人の目覚めを前に、なりふり構わぬ帝国軍は、自ずと戦火を拡大してゆく……時を同じく、連邦内部に連合王国主導の多国籍義勇軍が足を踏み入れる。敵の敵は、親愛なる友。国家理性に導かれ、数奇な運命をたどる彼らの中には、一人の少女がいた。メアリー・スー准尉。父を殺した帝国に対する正義を求め、彼女は銃を取る。