人気シリーズの劇場版。学園都市製宇宙エレベーター『エンデュミオン』。その完成を目前に控えたある日、上条とインデックスは鳴護アリサと出会う。三人で放課後を楽しんでいた時、魔術師を引き連れたステイルが突如襲いかかってくる。そのターゲットはアリサだった。魔術サイドの強襲を受け、学園都市側は女リーダー・シャットアウラ率いる秩序維持部隊を展開する。上条たちを取り巻く状況が混迷を極める中、ステイルは、こう言う。「そこの彼女は、魔術サイドと科学サイドの間で戦争を引き起こしかねない」と――。

俺の護りたかったもんは、魂＜ここ＞にある――。 地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。 だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物…… 銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚（うつろ）だった――。 最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。 虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する！ 巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。 ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…！銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…！

ウェブ上の仮想世界で行われるオンライン型対戦格闘ゲーム≪ブレイン・バースト≫。 プレイヤーである《バーストリンカー》たちは、現実の1000倍に≪加速≫した世界で、戦いを楽しんでいた。 私立梅郷中学に通う有田春雪（ハルユキ）もそのひとり。 高円寺を拠点とする≪ネガ・ネビュラス≫に所属する彼は、≪軍団≫の長である黒雪姫と共に、渋谷エリアでの≪領土戦≫を戦っていた。 そこに訪れた≪変遷≫と漆黒の巨大な竜巻、そして突然の回線切断。 本来、起こるはずのない不可思議な現象は、≪加速世界≫を徐々に侵食し、竜巻に包まれたエリアでは、≪加速≫することができなくなってしまっていた。 いったい、≪加速世界≫に何が起こっているのか？原因を突き止めるべく、ハルユキと仲間たちは、黒い竜巻に立ち向かう――！

江戸時代末期、江戸の町を襲来したのは、黒船ではなく宇宙船だった。 宇宙からやってきた最強の侵略者・天人（あまんと）を前になす術のない幕府。 だが、そんな国を憂い、圧倒的な劣勢のなかでなお臆することなく戦い続ける志士たちがいた。 桂小太郎、高杉晋助、そして白夜叉の異名で恐れられた侍・坂田銀時。 だが、数年に及ぶ死闘の末、彼らは友を失い、師を失い、戦い敗れて“国”を失った。 生き残った銀時は万事屋を営み、桂は身を潜め攘夷活動を続け、 高杉は幕府や天人の支配の破壊を企む。さらに高杉は銀時・桂へもその刃を向ける。 ある日、江戸の町に一人の辻斬りが現れ、その凶刃によって桂が姿を消す。 男のもつ、生きたように脈を打つ妖刀“紅桜”･･･人工知能を持ち、 使用者に寄生して戦闘データを蓄積し進化する悪魔の兵器。高杉は、 最強の戦闘集団・鬼兵隊を復活させ、“紅桜”を擁して動き出したのだ。 桂の相棒・エリザベスの依頼を受け桂の捜索に動き出す銀時・神楽・新八の万事屋メンバー。 桂の行方は？そして、銀時とかつての盟友・高杉との因縁の対決に決着はつくのか！？