大正十二年、夜の東京に現れた「吸血鬼」たち。 古の時代からこの世界に隠れ住み、闇に紛れて人の生き血をすする彼らに対処するため、陸軍内部にヴァンパイアを中心に創設されたのが第十六特務隊、通称『零機関』。 栗栖秀太郎、前田義信、山上徳一、スワ、タケウチたちは、今宵も彷徨える吸血鬼と対峙するのだった。