敵は、突如宇宙から襲来する謎の巨大生命体 –ネルガル- 闘いの手段は古代遺跡に眠るロボ、 搭乗するのは異星の遺伝子を継ぐ若き 少女達 –アンシエントガールズ- 人類の運命は彼女たちに託された――

巨大学園都市群スライヴセントラル第７学区にある 『私立天翔学園』。 そこへ転入してきた 音之宮朔 は様々な悩みを 抱えながらも個性豊かな歌唱部や考古学部の 生徒たちと触れ合っていくことで大切な仲間たちとの時間に心地よさを感じていた。 そして、 不愛想な見た目だが面倒見のいい 神楽蒼介 と 突拍子もない発言や掴みどころのない性格の 往田詩 と出会うことで“音楽”の楽しさを知る。 泣いたり、笑ったり、時には喧嘩をしたり。 何気ない毎日のなかで 朔は自分の中に今までにない変化が生まれていることに気づく―――。 懸命に生きる「ACTORS」たちの青春ストーリー。

中学2年生の早瀬真理は、何事にも一生懸命で元気な女の子。 3年前に失踪した世界的科学者である父・永司からもらったペンダント・アーミラリーコンパスをいつも大切にしている。 ある時真理は、親友の水城和花の兄・旬の部屋で、かつて永司の研究室で見かけた本（『磁石と電気の発明発見物語』）を見つける。 真理は開いたその本からあふれたゆらぎに包まれて、タイムスリップしてしまうのだった。 アーミラリーコンパスが示すタイムスリップの先々で、真理は様々な科学者たちと出会い、 和花や旬と共に行方不明の永司の足跡を追ってゆく。そこへ、同じく永司の行方を追っていた実業家・御影丞の動きが影を落とす。 現代での永司失踪をめぐるドラマが縦軸に、過去で真理たちと科学者が繰り広げる発明・発見に関わるドラマが横軸に展開され、 それらが次第にシンクロして行く。

文久三年二月―― 浪人に襲われ行き倒れていた井吹龍之介は、 壬生浪士組として上洛の途中であった芹沢鴨 に拾われる。 武士を目指し、志を同じくする者が集う浪士組。 近藤とともに名を上げるべく尽力する土方歳 三と、組のために動きながらも傍若無人な振 る舞いをみせる芹沢鴨…「武士」という在り 方を軸に対立する二人を見ながら、「武士」 を嫌う龍之介もまた自らの生き方に疑問を抱 き始める。 後に「新選組」と呼ばれることとなる男たち の“覚悟”の物語――

二六〇年あまり続いた江戸時代が終焉を迎え、明治という新たな時代が幕を開け始める。 しかし、そこには士道を貫かんと、身命を賭して戦い続ける男たちがいた。 薩長土を中心とした新政府軍と、徳川家臣を中心とした旧幕府軍との熾烈な争い―― 戊辰戦争に身を投じていく新選組。 自らの宿命に手繰り寄せられるように、彼らは苛烈な道へ歩を進めていく。 慶応四年一月。鳥羽伏見の戦いに敗れ、江戸へ戻った新選組。新政府軍との再戦を望む彼らに待っていたのは、甲府城で敵を迎え撃つこと。 己の信じた士道に従い戦いをあきらめない土方らに、千鶴も決意をもって接することとなる。 また、新たな勢力の拡大によって、羅刹と鬼の関係にも変化が生じていくのだった。