ヒミツキチに憧れる小学５年生・ヒロトの前に現れたのは、自称ニンチューバーでニンジャの少年・トンカチ。ヒロトの家で見つかった伝説の忍具『ニンジャボックス』を使って二人は『ヒミツキチ』を作ることに。ヒミツキチをパワーアップさせる為、ヘンテコだけどトンデモねーニンジャ『ヌケニン』を集めまくる中、ニンジャボックスを狙うナゾの敵『ブッコワ社』まで現れた！ニンジャボックスを巡り、全く新しいハチャメチャニンジャ物語が今、始まる！