俺の護りたかったもんは、魂＜ここ＞にある――。 地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。 だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物…… 銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚（うつろ）だった――。 最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。 虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する！ 巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。 ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…！銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…！

リュウがサガットを打ち破ってから数年後。犯罪シンジケートシャドルーの魔の手が世界中に及び、各地でテロ活動などが相次いでいた。 事態を重く見たインターポールはアメリカ空軍と協力し、シャドルーの壊滅作戦へと動き出す。 一方、シャドルーの総帥たるベガは優れた格闘能力を持つ素体を見つける為に、「モニターサイボーグ」なるスパイロボットを各地へ配置していた。 その最も有力な標的は、「自分より強い奴に会う」という目標を抱え、流転の旅を続けながらストリートファイトに励む格闘家・リュウであった。