キリト、ユージオ、アリス。 二人の修剣士と一人の整合騎士が最高司祭・アドミニストレータを打ち破ってから半年が経った。 戦いを終え、故郷ルーリッド村で暮らすアリス。 その隣には、親友を失い、自らも腕と心を失ったキリトの姿があった。 彼を献身的に支えるアリスに、以前のような騎士としての心は残っていない。 「教えて、キリト……どうすればいいの……」 しかし、アンダーワールド全土を悲劇へと誘う《最終負荷実験》へのカウントダウンは、容赦なく進む。 それと呼応するように、《ダークテリトリー》の深奥で、暗黒神ベクタが復活した。闇の軍勢を率い、《光の巫女》を手に入れるべく、《人界》へと侵攻を開始する。 《人界》軍を指揮する整合騎士ベルクーリらは、《ダークテリトリー》軍とのかつてない大戦争になることを決意する。 だがその傍らに、いまだアリスは見当たらない。そして、《人界》を救った英雄二人の姿も――。 『SAO』シリーズで最も長く、美しい戦い《アリシゼーション》編、その最終章がついに開幕！

「ここは……どこだ……？」 気づけばキリトは、なぜか壮大なファンタジーテイストの仮想世界にフルダイブしていた。 ログイン直後の記憶があやふやなまま、手がかりを求めて辺りを彷徨う。 そして、漆黒の巨木《ギガスシダー》のもとにたどり着いた彼は、一人の少年と出会う。 「僕の名前はユージオ。よろしくキリト君」 少年は仮想世界の住人――《NPC》にもかかわらず、人間と同じ《感情の豊かさ》を持ち合わせていた。 ユージオと親交を深めながら、この世界からのログアウトを模索するキリト。 そんな彼の脳裏に、ある記憶がよみがえる。 それは、幼少期のキリトとユージオが野山を駆け回る想い出――本来、あるはずのない記憶。 更にその想い出には、ユージオともう一人、金髪の髪を持つ少女の姿があった。 名前は、アリス。 絶対に忘れてはいけないはずの、大切な名前――。