新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

宇宙征服をたくらむドン様率いる「あくのぐんだん」は、手はじめに地球侵略を開始するもクセのある地球人に阻まれ大苦戦。 次第にドン様の地球侵略計画にも歪みが生じてきて――！？　 どこか憎めない宇宙人と個性豊かな地球人が織り成す日常系ドタバタＳＦコメディの幕が上がる!!