第二次ネオ・ジオン戦争（シャアの反乱）から12年。U.C.0105――。地球連邦政府の腐敗は地球の汚染を加速させ、強制的に民間人を宇宙へと連行する非人道的な政策「人狩り」も行っていた。そんな連邦政府高官を暗殺するという苛烈な行為で抵抗を開始したのが、反地球連邦政府運動「マフティー」だ。リーダーの名は「マフティー・ナビーユ・エリン」。その正体は、一年戦争も戦った連邦軍大佐ブライト・ノアの息子「ハサウェイ」であった。アムロ・レイとシャア・アズナブルの理念と理想、意志を宿した戦士として道を切り拓こうとするハサウェイだが、連邦軍大佐ケネス・スレッグと謎の美少女ギギ・アンダルシアとの出会いがその運命を大きく変えていく。

宇宙世紀0096年。『シャアの反乱』から3年、工業コロニー〈インダストリアル7〉に住むバナージ・リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎の少女と出会う。戦争の火種となるビスト財団とネオ・ジオン残党組織『袖付き』による、『ラプラスの箱』の取引を止めようと行動しているという彼女に対し、協力するバナージ。しかし、同じく取引の阻止のため乗り込んできた地球連邦軍と『袖付き』との戦闘により、コロニーは戦場と化してしまう。オードリーを探して戦火を走り抜けるバナージは、『ラプラスの箱』の鍵となる純白のモビルスーツ、『ユニコーンガンダム』と運命的な出会いを果たす。『ラプラスの箱』とは何か、それが抱く秘密とは何か……。宇宙世紀100年の呪いが、解かれようとしていた。