21世紀初頭の東京。母子で暮らす高校生・神 名綾人は、模試会場に向かう途中に突如上空 に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。破 壊された街で、綾人は自分の描いた絵に酷似 した風景の中で、不思議な少女・美嶋玲香に 出逢う。玲香に導かれるようにして地下鉄に 乗り、神殿にたどりついた綾人は、卵から巨 大な人型の存在「ラーゼフォン」が出現する 瞬間にめぐりあわせた。「真実を見せる」そ の言葉に従って、謎の女性・紫東遙と ＶＴＯＬで東京を脱出しようと試みた綾人 は、玲香に導かれてラーゼフォンに同調、体 内へと入っていく。ついに目覚めのときがき た。超兵器ドーレムを粉砕したラーゼフォン は、そのまま東京から飛び去っていった。外 から故郷を見た綾人は、そこに巨大な木星の ような「TOKYO JUPITER」を目撃する。謎の 存在ＭＵに占拠された首都は、不思議な膜に 閉鎖され、住民は偽りの生活をさせられてい た。しかも外部には、12年も先の時間が流れ ていたのだった…。 東京を支配する「青い血」の人間とは何者 か？綾人とラーゼフォンには、どんな関係が あるのか？そして真実の世界で、綾人を待ち 受ける運命は何か？