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公文書等の管理に関する法律」の5条の解釈に関する問題であり、あらかじめひとつの解釈が決まっていたわけではないので、「公文書等の管理に関する法律」の趣旨目的からして、当不当の問題にはなるでしょうが、違法かどうかの問題にはなりにくいとおもいます。
この法律で曖昧な部分は法律の構造からして「公文書管理委員会」でよく検討すべき問題であって、明らかに犯罪の証拠であるのに廃棄したなどの特段の事情がなければ検察の出番はないと私見では思います。