公用文書等毀棄罪は故意犯ですから毀棄の故意の立証が必要ですが、むずかしいでしょうね。いちおう省内的な規則にのっとっていたわけですから。その規則がこの文書のためだけにつくられていたなどの特段の事情のない限りは。

結局捜査はされたとしても、不起訴になるのではないでしょうか。

構成要件をゆるがせにすることなく事件処理するのが法の支配の要請するところで、
なにか悪いことをしてそうだからつるし上げてやれというのは、法の支配の真逆であることを知るべきでしょう。